El gobierno nacional la persiguió desde el inicio de su gestión, basado en iniciativas política, legislativas e incluso una denuncia judicial. El fallo del juez federal Pablo Cayssials que declaró inconstitucional la remoción por juicio político de la Procuradora fue decisivo.

2- Desde ese momento, el gobierno nacional barajó y motorizó diversas alternativas para impulsar su destitución. Según el artículo 76 de la ley orgánica del Ministerio Público Fiscal n 27148, sancionada a mediados de 2015, el Procurador General de la Nación sólo puede ser removido mediante juicio político, que es de competencia exclusiva del Congreso Nacional y que requiere de mayorías especiales.
3- Sin las mayorías especiales legislativas que se requerían para concretar el juicio político, en abril de 2016 el gobierno anunció el envío al Congreso de un proyecto que modificaba la ley orgánica del Ministerio Público Fiscal, pero la iniciativa fracasó en aquel momento por los cuestionamientos de Elisa Carrió que hicieron caer los acuerdos que logró la coalición gobernante en el Parlamento. El gobierno, de todas formas, mantuvo en agenda su iniciativa de reformar el Ministerio Público Fiscal.
4- En abril de 2017, a partir de una denuncia difundida por el diario Clarín, la Procuradora fue involucrada en la presunta compra irregular de un inmueble por parte del Ministerio Público Fiscal. A pesar de que todo apuntaba a un funcionario de cuarto nivel como presunto responsable del cobro de una comisión irregular por la operación, la causa avanzó y el fiscal Eduardo Taiano dispuso su citación a indagatoria en julio pasado en medio de rumores del desplazamiento por decreto presidencial de la Procuradora. Gils Carbó denunció entonces ante los medios de comunicación presiones sobre la Justicia para incriminarla judicialmente. Actualmente Gils Carbó se encuentra procesada en la causa y su nuevo abogado defensor es León Arslanián.
5- El viernes 20 de octubre, en una decisión inédita, el juez en lo Contencioso y Administrativo federal Pablo Cayssials declaró inconstitucional la remoción por juicio político de la Procuradora de la Nación. De esta forma, le abrió al gobierno la posibilidad de remover a la Procuradora sin necesidad de un juicio político. Este fallo decisivo tiene todas las posibilidades de quedar firme.
6- Fuentes del Ministerio Público Fiscal especularon ante Tiempo que el resultado de los comicios del 22 de octubre y el acuerdo mayoritario que logró el gobierno para que el Congreso apruebe el desafuero del ex ministro de Planificación Julio De Vido influyeron en la decisión.
7- La Procuradora manifestó en su Carta al Presidente que renunció con la esperanza de que esta decisión disuada reformas que rompan el equilibro que debe regir el sistema de administración de justicia. En principio, según supo Tiempo, se refiere a la reforma del Ministerio Público Fiscal, y en este sentido, el Jefe de Gabinete Marcos Peña marcó este lunes que las discusiones, incluso judiciales, que se dieron sobre algunas zonas grises sobre el mandato, la remoción y otras cuestiones, deberían ser corregidos ahora que ya no hay duda que no es una discusión sobre una persona.
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