El exmilitar fue procesado en 2015, pero por problemas de salud no llegó a ser juzgado por su responsabilidad en delitos cometidos en el centro clandestino de detención El Vesubio.
Su rol en ese campo de concentración no fue menor: se desempeñaba como Jefe de la División Il de Inteligencia del Regimiento de Infantería 3 de La Tablada y tenía una oficina en el CCD ubicado en La Matanza.
Cuando el juez federal Daniel Rafecas intentó detenerlo, no lo encontró y pidió su captura, que se produjo en octubre de 2015, cuando fue a votar en las elecciones presidenciales. El juez lo procesó por haber ordenado la realización de un operativo en la localidad de Ezpeleta para secuestrar a dos militantes de Montoneros.
En ese operativo, realizado en febrero de 1977, fue secuestrada Guillermina Silvia Vázquez, luego desaparecida. También intentaron secuestrar a Mario Rubén Arrosagaray, quien resistió a los tiros y logró escapar.
A partir de una investigación interna del Ejército por la muerte de uno de los miembros de la patota en el enfrentamiento a los tiros con Arrosagaray, se pudo conocer el nombre de quienes habían participado y la orden provenía del entonces capitán Villarruel.
Su detención no duró mucho. Al poco tiempo, fue trasladado a una clínica psiquiátrica y luego desafectado de la causa por incapacidad sobreviviente ya que tenía alzheimer.
En el juicio que se realizó en 2022 por ese y otros hechos, fueron condenados ocho ex miembros del Ejército por crímenes de lesa humanidad contra más de 400 personas durante la última dictadura. Entre ellos, el oficial Humberto Cubas, quien recibió la orden de Villarruel de organizar la patota para secuestrar a Vázquez y Arrosagaray.
Una sobreviviente del Vesubio, Elena Alfaro, también ubicó a Villarruel en ese centro clandestino y lo vinculó con la Masacre de Monte Grande, en la que 16 personas que estaban detenidas allí fueron trasladadas a una casa y luego asesinados.
Hijo de un oficial de la marina, Ernesto no fue el único Villarruel con paso por el Ejército. Su hermano Eduardo, padre de la vicepresidenta, quien murió durante la pandemia, fue también militar que se desempeñó primero en el Operativo Independencia y luego en el Comando 602 durante la Guerra de Malvinas.
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