Ex magistrado judicial de casos resonantes, ya asistió a la ex Esma para la transición con Pietragalla. Su desempeño en la investigación del asesinato de Mariano Ferreyra y la desaparición del policía porteño Arshak Karhanyan.

Baños se recibió de abogado en 1987 en la Universidad de Buenos Aires (UBA), pero ingresó a trabajar en el fuero civil porteño en 1977, en plena dictadura cívico-militar. El lunes se puso en contacto con el equipo de conducción de la Secretaría de DDHH del gobierno saliente, para comunicarles que él tomará el cargo de Horacio Pietragalla. Versiones refieren que este sector clave en la política estatal de Memoria, Verdad y Justicia podría ser degradado a subsecretaría.
Quien lo habría recomendado para ocupar ese lugar es el actual ministro de Justicia de Milei, Mariano Cúneo Libarona. Entre ambos existe una larga relación de años que se gestó en la juventud, cuando entraron a trabajar en la justicia ordinaria. Es más, el propio Cúneo Libarona lo designó como docente titular de la especialización en Derecho Procesal Penal en la UBA.
El 13 de julio de 1993 fue nombrado como juez por el gobierno de Carlos Menem. Por entonces, quienes eran designados como magistrados en la justicia no rendían exámenes de idoneidad.
A su cargo tuvo la investigación sobre el robo de las manos de Perón, tras la reapertura de la causa en 1994. Misteriosamente, en medio de la misma robaron el expediente que Baños reconstruyó. En esa misma década, tuvo a cargo la causa sobre ñoquis en el Concejo Deliberante porteño (que todavía funcionaba como un municipio).
Además fue el responsable de investigar el caso del vaciamiento de Aerolíneas Argentinas, causa que al poco tiempo él mismo la declaró prescripta. Más tarde la Cámara de Casación revocó esa decisión.
Su actuación fue clave en la investigación del asesinato de Mariano Ferreyra, militante del Partido Obrero atacado en 2010 por una patota relacionada con el dirigente de Unión Ferroviaria, José Pedraza, quien fue condenado como autor intelectual. Fue quien desenmascaró al perito Roberto Locles por alterar una prueba clave.
El 24 de febrero de 2019, Vardush Datyvian esperaba a su hijo Arshak Karhanyan para cenar un plato típico de Armenia. Preocupada, envió varios mensajes de Whatsapp que jamás fueron respondidos. A casi cuatro años de la desaparición, su madre lo sigue esperando. En ese momento Arshak tenía 29 años, era policía de la Ciudad de Buenos Aires y especialista en sistemas y tecnología. Quien investigó la desaparición de joven fue Alberto Baños.
En cuatro años de investigación, el desempeño de Baños no logró hacer avanzar la investigación sobre la desaparición del policía porteño. El entonces juez no tomó ninguna medida lógica en la causa, como el apartamiento de la policía de la Ciudad sospechada de ser responsable del hecho. Tampoco hay imputados.
Cabe destacar que la investigación de Baños no aportó una sola hipótesis sobre el destino del policía desaparecido. Tampoco volcó la investigación hacia la responsabilidad de la policía local, dado que un ex compañero de Karhanyan fue el que mantuvo contacto hasta antes de su desaparición.
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