Sufrió epidemias de gripe y dengue. Redujo la entrega de remedios y realizó compras innecesarias.

A poco de pegar el salto del Ministerio porteño al nacional Lemus se enfrentó al primer problema. Una deficiente campaña de prevención trajo «una de las peores epidemias de dengue en la historia del país», según la definió la Fundación Soberanía Sanitaria. Más de 40 mil casos confirmados y otros 73 mil sin confirmación, en su mayoría por falta de reactivos para el diagnóstico. Ese mismo año se registró la peor epidemia de gripe H1N1 desde 2009 con más de 900 mil casos de influenza.
Aunque el problema no había sido por falta de insumos, este año el Ministerio ordenó aumentar un 30% la adquisición de dosis antigripales respecto de 2016, lo que significó la compra más grande de la historia. Como reveló Tiempo el 8 de octubre, hasta esa fecha apenas se habían distribuido ocho de los 12 millones de dosis adquiridas, de las que apenas se había aplicado un 58 por ciento. Como las vacunas no sirven para 2018, el Estado deberá desechar medicación por más de 200 millones de pesos.
A principios de año, Tiempo también había anticipado el vaciamiento del programa de entrega gratuita de medicamentos (ex Remediar). Lemus cambió su nombre por CUS Medicamentos y redujo de 68 a 41 los remedios del botiquín que el Estado distribuía en 8000 centros de salud.
A fines de septiembre, este diario también adelantó que detrás de la publicitada Cobertura Universal de Salud (CUS) lo que había era el cambio de un sistema universal y gratuito a otro que abarcaba una canasta restringida de prestaciones básicas para el uso del sistema de salud pública e incluso una reducción del Plan Médico Obligatorio (PMO).
Estas decisiones también fueron acompañadas por un ajuste presupuestario que se sintió este año. Programas como el de «Desarrollo de la salud sexual y la procreación responsable» tiene a esta altura del año apenas un 68% de ejecución; «Prevención y control de enfermedades endémicas», 63%; «Prevención y control de enfermedades crónicas y riesgos para la salud», 49%; y «Sanidad escolar», sólo un 18 por ciento. «
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